TABLE 1.

Oligonucleotides used to generate the PCR products described in this study

PrimerPrimer sequenceaProduct (size in bp) and plasmid
TKleft5′5′-GT GGTACC ATGCAT CTGATACCCCTTCGCCCGCTACTG-3′Tkleft (301); pTKdel
              KpnI         NsiI
TKleft3′5′-TTTGC GTCGAC CCACTCCAGCGCGTCCCAG-3′
                      SalI
TKright5′5′-AT GAATTC GCCGCGCTCGCAGACCCCA-3′TKright (337); pTKdel, TK-probe
            EcoRI
TKright3′5′-GGACTAGTCATGCAT CTCTAGCGCGAACTGACG-3′
              SpeI           NsiI
ChloramF5′-TCACTGGATATACCACCGTTGA-3′CAPr gene (402); CAPr-probe
ChloramR5′-TCACCGTAACACGCCACATCTT-3′
gE-KanF5′-GGGGAACGGCGCACGCGAGAGGGTTCGAAAAGGGCATTTGGCAATGCAAC-ATTTAAAT-ccacgttgtgtctcaaaatctctgatg-3′gE-Kanr (1,237)
                                                                                                                                                  SwaI
gE-KanR5′-TCGCGCTGCTACCACGGTGTAATCTGGTGCGGCCGGGGTCCGCGCTGGCG-ATTTAAAT-cggttgatgagagctttgttgtaggtg-3′
                                                                                                                                                 SwaI
BHV1.35′-GGG CAT TTG GCA ATG CAA C-3′gE-probe (845)
BHV1.65′-CGT CTC GTA TAT GCG GAT G-3′
Kanrfwd5′-GGT ATT AGA AGA ATA TCC TGA TTC-3′Kanr-probe (483)
Kanrrev5′-CTC ATC GAG CAT CAA ATG AAA CT-3′
  • a Restriction enzyme sites are underlined in the oligonucleotide sequence. Sequences in lower case for gE-KanF and gE-KanR are specific for the kanamycin resistance cassette of EZ::TN 〈Kan-1〉 (Epicentre Technologies).